منذ ثلاثينيات القرن العشرين، حفر علماء الآثار أنفاقًا في الأكروبوليس في كوبان لفهم المراحل العديدة التي مر بها البناء على مدار تاريخه. ومع اكتمال التحقيقات الآن في الغالب، يبلغ طول الأنفاق ما يقرب من 4 كيلومترات في الطول التراكمي، وقد كشفت عن شواهد حجرية مبكرة وواجهات جصية ومقابر علمتنا الكثير عن شكل الأكروبوليس قبل مرحلته النهائية. أنشأت خطة الحفاظ التي تقودها جامعة هارفارد بالتعاون المستمر مع معهد هندوراس للأنثروبولوجيا والتاريخ لهذه الأنفاق نموذجًا رقميًا ثلاثي الأبعاد لنظام الأنفاق وتتناول طرق الحفاظ على التراث المعماري القيم في الداخل، مع مراعاة المناخ الرطب والتغيرات الموسمية في منسوب المياه ووصول الزوار وخطر الانهيار.