وأثناء إقامته في مصر (24 يوليو 1798 إلى 1 فبراير 1799)، اهتم نابليون بونابرت بشكل خاص بأمن الدير وسلامة رهبانه بسبب إخلاصه لموسى، ولأنه كما قال: " ودير جبل سيناء يسكنه رجال متعلمون ومتحضرون”. وفي 29 فريمير في السنة السابعة للديمقراطية (19 ديسمبر 1798) أصدر مرسومًا (Arrête) ضمن به حقوق الدير، ووضعه ورهبانه تحت حماية حكومته، معفيًا من الضرائب والرسوم الجمركية؛ كما أمر السلطات المدنية والعسكرية بضمان عدم مضايقة الرهبان.
